Am 29. März 2011 10:58 schrieb Ralf Prengel <ralf.prengel@comline.de>:

Am 29.03.2011 10:11, schrieb Marco Roeben:

...

Hallo,

ich habe die Ehre hier bei uns auf der Arbeit einen openSUSE-Server einrichten zu dürfen. Darauf sollen vor allem, neben einigen wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken, Rosetta [1] laufen um Proteinstrukturen zu berechnen. Um die Rechnungen anzusetzen wird sich per ssh eingeloggt.

Die Daten sollen auf einem Raid 1 abgelegt werden, auf die dann per sftp (evtl auch nfs(4?)) zugegriffen wird.

Gibt es nützliche Tools um den Server zu überwachen? Also z.B. die Auslastung der Cores (im Browser?) anzuschauen. Kann ich mdadm so konfigurieren, dass mir einmal wöchentlich der Status des geplanten Raids per Mail zugeschickt wird und im Falle eines Ausfalls einer Festplatte sofort?

Also kurz gefragt: Was würdet ihr als unverzichtbar halten um einen reibungsfreien Betrieb sicherzustellen?

Ganz einfach zum Mitschauen eignet sich auch Munin! Lässt sich relativ einfach installieren, das Ergebnis sieht dann wie folgt aus: http://bgweiz.at/munin/ Anleitung zum Einrichten: http://peer.st/dw/doku.php?id=munin -- Schöne Grüße, Matthias Praunegger desktop4education http://d4e.at -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Hallo an Alle! Erstmal Danke für die Hinweise. Das hilft mir schonmal weiter. Zumindest habe ich die Stichworte die mir vorher gefehlt haben um mich gezielt zu informieren. Nagios und Munin sehen auf den ersten Blick genau nach dem aus was ich gesucht habe. Mit der Konfiguration von mdadm werde ich mich noch genauer auseinandersetzen. Erstmal gut zu wissen das es prinzipiell geht. Laut man- page scheint ein einfacher Aufruf von "mdadm --follow --scan --delay=120" schon zu reichen. Wenn das Ding läuft kann ich das mal testen. Drückt die Daumen, dass ich Euer know-how nicht allzusehr in Anspruch nehmen muss. :-) MfG Marco -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Hallo Bernd, danke für Deine Anregungen! Am Dienstag, 29. März 2011, 11:44:11 schrieb Lentes, Bernd:

wenn Du einen reibungsfreien Betrieb sicherstellen willst, schlage ich folgendes vor:

- USV (kostet nicht mehr die Welt) - backup (wo speichern die Leute die Ergebnisse ihrer Brechnungen ?). Ein backup ist m.E. sehr wichtig ! Was wäre, wenn die Ergebnisse weg wären ?

Die Rechnungen laufen auf dem Rechner und die Ergebnisse werden dann auf die entsprechenden Arbeitsplatzrechner der Benutzer kopiert. Diese wiederrum liegen auf einem zentralen Server der entsprechend redundant ist und regelmäßig gebackupt wird. Falls der Rechner ausfällt ist es zwar unschön, aber nicht so tragisch.

- Wenn Du RAID1 per Hardwarecontroller löst, haben diese oft eine Weboberfläche, um sich den Status des Controllers anzusehen, und ggf. auch im Fehlerfall eine email zu schicken. Hardware-RAID ist aber nicht unbedingt nötig und macht die Sache auch teuerer.

Ist im Budget nicht drinne.

- Wenn die Kiste hochverfügbar sein soll, denk über redundante Netzteile (Netzteile gehen gerne mal kaputt), ggf. auch redundante Netzwerkkarten nach. Netzwerkkarten im bonding macht die Sache natürlich komplizierter.

Wie oben schon erläutert ist das nicht nötig. Langfristig (so in einem Jahr) wird der Rechner von einem "richtigen" Server der von der IT beschafft und dann auch verwaltet wird abgelöst.

- Ich geh mal davon aus, daß Rosetta ziemlich rechenintensiv ist. Denk also über mehrere CPU's, auch mit mehreren Cores, nach.

Server ist für den Rechner vielleicht etwas hoch gegriffen, aber im Hinblick darauf, dass langfristig sowieso ein professionelles System angeschafft wird und jetzt erstmal schnell etwas angeschafft werden muss um die Rechnungen laufen zu lassen um keinen Stillstand zu haben ist die Konfiguration eher im oberen Preisniveau eines Desktoprechners angesiedelt. Hexacore i7, 24 GB RAM, 120GB SSD fürs System und 1 TB Raid1 für die Daten, als Grafikkarte eine NVIDIA GT450 (um die Möglichkeite zu haben CUDA zu benutzen). Sobald der Server hier im Haus steht (im Moment werden erstmal Angebote reingeholt und Anschaffungen im öffentlichen Dienst dauern wenn mehr als 100k Euro ausgegeben werden) wird dies der Desktoprechner unseres Chefs. Wir können jetzt arbeiten und unser Chef hat danach einen schönen Desktop-Rechner. Also eine win-win-Sitauation. :-)

- was meisnt Du mit "wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken" ?

XPLOR-NIH, CNS, TALOS, CYANA, ARIA, etc.

Prüf mal, ob eines dieser Programme CUDA unterstützt. Damit könntest Du Berechnungen auf die Grafikkarte auslagern, was die Sache u.U. sehr beschleinigt.

Siehe oben. :-)

- Wenn die Kiste länger im Betrieb sein soll, denk darüber nach, SLES statt OpenSuSE zu kaufen. Dies wird länger als die OpenSuSE-Produkte gepflegt.

Wie schon erwähnt. Erstmal ist eine Laufzeit des Computers als "Rechenknecht" für max. 1 Jahr angedacht. -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Am Mittwoch, 30. März 2011, 05:03:50 schrieb David Haller:

Am Tue, 29 Mar 2011, Marco Roeben schrieb:

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Hexacore i7, 24 GB RAM, 120GB SSD fürs System und 1 TB Raid1 für die Daten, als Grafikkarte eine NVIDIA GT450 (um die Möglichkeite zu haben CUDA zu benutzen).

Du solltest ECC-RAM verwenden und evtl. nen Tesla-Board für CUDA wg. dem ECC-RAM darauf...

Ja, ich weiss. War auch in der Planung. Hat aber leider den finanziellen Rahmen gesprengt. Neben dem RAM braucht es dann ein teureres Board, eine andere CPU und schwups wären >2000 Euro nötig gewesen. Ganz zu schweigen von der ordentlich teureren Tesla Grafikkarte. Ob CUDA wirklich verwendet wird oder werden kann ist noch gar nicht raus. Ich muss da nochmal einen genaueren Blick auf die Software werfen. Das da überhaupt so eine Grafikkarte drin ist liegt vor allem daran, dass die kleineren Modelle von NVIDIA keine zwei Monitore über DVI ansteuern können. Da der PC dann später auf einen Desktoprechner umgemünzt wird und ein nachrüsten bestehender Rechner immer ein verwaltungstechnische Verrenkung ist wurde das jetzt schon erledigt. Leider sind die Haushaltskassen nicht immer kompatibel mit den Realitäten und die Verwaltung im öffentlichen Dienst nicht besonders flexibel. Der Rechner muss jetzt ca. 1 Jahr seinen Dienst so verrichten, danach kommt ein, von der EDV angeschaffter, Server ins Haus. Soweit ich die Spezifikation mitbekommen habe mind. 32 Cores (Intel Xeon), RAM jenseits der 100GB mit ordentlichen SAS Platten. MfG Marco -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Am Donnerstag, 31. März 2011, 11:10:02 schrieb Lentes, Bernd:

Wenn Ihr jetzt für diesen Zweck einen besseren Desktoprechner kauft, später aber einen Server mit mind. 32 Cores und <100GB RAM und SAS-Platten, ist entweder der Desktop total unterdimensioniert oder der Server total überdimensioniert. Wird der Server beschafft nach dem Motto "Wir haben jetzt soviel Geld bekommen und müssen es raus hauen, da es ansonsten verfällt ?" Könnt Ihr das nicht eventl. sinnvoller einsetzen, oder braucht Ihr wirklich diese Power ? Ich arbeite übrigens selbst im öffentlichen Dienst und kenn die Problematik. Trotzdem kann man da auch viel steuern.

Der große Server wird natürlich nicht nur für uns angeschafft. Unsere Rechnungen sind vergleichsweise harmlos und anspruchslos im Gegensatz zu denen die darauf hauptsächlich laufen sollen. Ich denke das dort unter anderem dann richtige Moleküldynamiken gerechnet werden sollen. Diese laufen dann auch schon mal locker auf so einem Server mehrere Wochen. Je nachdem welcher Zeitraum für die Dynamik betrachtet wird. Das Geld war schon begrenzt und mehr war einfach nicht drinne. Die EDV hat uns auch ein Angebot für eine HP Workstation gemacht, die dann auch deutlich professionellere Hardware hatte. Eben ECC Ram und Xeon Prozessoren. Aber die war dann auch deutlich teurer als 2000 Euro. Wie dem auch sei, unser Rechner ("Server") soll diese Zeit eben nur überbrücken. Aber wenn ich so ein Ding schon aufsetzen soll, dann soll es auch vernünftig sein und für die Zeit möglichst vorbildlich laufen. :-) MfG Marco -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Am Donnerstag, 31. März 2011, 13:13:11 schrieb Lentes, Bernd:

Marco Roeben schrieb:

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Der große Server wird natürlich nicht nur für uns angeschafft. Unsere Rechnungen sind vergleichsweise harmlos und anspruchslos im Gegensatz zu denen die darauf hauptsächlich laufen sollen. Ich denke das dort unter anderem dann richtige Moleküldynamiken gerechnet werden sollen. Diese laufen dann auch schon mal locker auf so einem Server mehrere Wochen. Je nachdem welcher Zeitraum für die Dynamik betrachtet wird.

Wenn solche Berechnungen wirklich Wochen laufen, muss der Server hochverfügbar sein. Wenn so eine Berechnung nach einer Woche wegen eines Defektes abgebrochen wird, ist das sehr ärgerlich. Wäre nicht eventl. ein kleiner Cluster sinnvoll ? Voraussetzung hier ist allerdings, daß die Probleme parallelisierbar sind.

Der große Server oder wohl besser Cluster, der dann angeschafft wird, wird hochverfügbar sein. Da habe ich aber keine Aktien drinne. Irgendwo gibt es dafür auch so einen schicken Raum dessen Atmosphäre der in 2500m entspricht, also weniger O2, Luftdruck. Unsere Rechnungen auf dem kleinen Server laufen höchstens zwei drei Tage. Das Risiko müssen wir eingehen. Wie gesagt, nur für max. ein Jahr zur Überbrückung, danach wird das ein total überdimensionierter Desktop-Rechner. Aber wer weiß vielleicht möchte ja jemand nach Feierabend Crysis zocken. ;-) MfG Marco -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Am 1. April 2011 16:23 schrieb Heinz Diehl <htd@fancy-poultry.org>:

On 29.03.2011, Marco Roeben wrote:

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ich habe die Ehre hier bei uns auf der Arbeit einen openSUSE-Server einrichten zu dürfen. Darauf sollen vor allem, neben einigen wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken, Rosetta [1] laufen um Proteinstrukturen zu berechnen.

Fuer einen stabilen Server wuerde ich dir dringend zu CentOS raten, opensuse hat sich dafuer auf meinen Systemen mit zunehmender Versionsgroesse immer weniger als geeignet erwiesen.

Ich würde jetzt nicht gleich den Sprung auf eine komplett andere Distribution raten, aber sollte es sich wirklich überlegen. Es hat sich in der Tat einiges verändert. Ja, warum ist denn das nur so? Diese Entwicklung ist doch mehr als schade, war SUSE ja immer bestens dafür geeignet, dass man a) was hübsches am Desktop und b) auch stabile Server im Hintergrund hat. LG Matthias -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

On Thu, 7 Apr 2011 14:39:50 +0200, Marco Roeben <roeben@fmp-berlin.de> wrote:

in mir auch nicht so sicher ob ich das unbedingt brauche.

Definiere unbedingt :-) Mit Apparmor kannst Du den Zugriff auf Verzeichnisse einschränken und die erlaubten Operationen festlegen. Das ist vor allem für die Programme interessant, die mit Root-Rechten laufen und daher normalerweise überall hin schreiben und alles machen dürfen. Solche Programme sind vor allem für alle Angriffe von aussen interessant. Philipp -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Am 1. April 2011 16:23 schrieb Heinz Diehl <htd@fancy-poultry.org>:

Fuer einen stabilen Server wuerde ich dir dringend zu CentOS raten, opensuse hat sich dafuer auf meinen Systemen mit zunehmender Versionsgroesse immer weniger als geeignet erwiesen.

<Hust>SLES... -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org