Am 29. März 2011 10:11 schrieb Marco Roeben :

Gibt es nützliche Tools um den Server zu überwachen? Also z.B. die Auslastung der Cores (im Browser?) anzuschauen. Kann ich mdadm so konfigurieren, dass mir einmal wöchentlich der Status des geplanten Raids per Mail zugeschickt wird und im Falle eines Ausfalls einer Festplatte sofort?

nagios, munin, ... Gruß Martin -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Am 29.03.2011 10:11, schrieb Marco Roeben:

Hallo,

ich habe die Ehre hier bei uns auf der Arbeit einen openSUSE-Server einrichten zu dürfen. Darauf sollen vor allem, neben einigen wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken, Rosetta [1] laufen um Proteinstrukturen zu berechnen. Um die Rechnungen anzusetzen wird sich per ssh eingeloggt.

Die Daten sollen auf einem Raid 1 abgelegt werden, auf die dann per sftp (evtl auch nfs(4?)) zugegriffen wird.

Gibt es nützliche Tools um den Server zu überwachen? Also z.B. die Auslastung der Cores (im Browser?) anzuschauen. Kann ich mdadm so konfigurieren, dass mir einmal wöchentlich der Status des geplanten Raids per Mail zugeschickt wird und im Falle eines Ausfalls einer Festplatte sofort?

Also kurz gefragt: Was würdet ihr als unverzichtbar halten um einen reibungsfreien Betrieb sicherzustellen?

für den Einstieg - Platten (Platz und smartmon) - Prozesse - Serverdienste - Speicher und CPU Last - Netzwerkverkehr (Last und ggf. defekte Pakete)

Ich habe bis jetzt, abgesehen von einem privaten Datenserver, so etwas noch nicht wirklich angepackt und würde im Vorfeld schon gerne einige Stolperfallen ausschließen.

Schau dir OMD an. Ist fix augesetzt und bringt einen fertigen Client für Linux mit der einiges an Überwachung out of the box installiert. http://omdistro.org/ http://www.nagios-portal.org/wbb/index.php?page=Board&boardID=99 http://mathias-kettner.de/check_mk.html http://www.nagios-portal.org/wbb/index.php?page=Board&boardID=97 Nachteil: An einigen Stellen noch nicht wirklich anwenderfreundlich. Vorteil: Da haben einige ziemlich kompetente Leute "Aktien" drin. Gruß Ralf Prengel Manager Customer Care Comline AG Hauert 8 D-44227 Dortmund/Germany Fon +49 231 97575 904 Fax +49 231 97575 257 Mobil +49 151 10831 157 EMail Ralf.Prengel@comline.de www.comline.de Vorstand Stephan Schilling, Erwin Leonhardi Aufsichtsrat Dr. Franz Schoser (Vorsitzender) HR Dortmund B 14570 USt.-ID-Nr. DE 124727422 Für die Erstellung unserer Dokumente benutzen wir die Produkte aus dem Microsoft Office 2007 Paket. Sollte sich ein Anhang in der Mail befinden, der mit einer älteren Office Version nicht geöffnet werden kann, installieren Sie bitte das Compatibility Pack für Office 2007. http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyID=941b3470-3ae9-4aee-8f43-c6bb74cd1466&DisplayLang=de -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Marco Röben schrieb:

ich habe die Ehre hier bei uns auf der Arbeit einen openSUSE-Server einrichten zu dürfen. Darauf sollen vor allem, neben einigen wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken, Rosetta [1] laufen um Proteinstrukturen zu berechnen. Um die Rechnungen anzusetzen wird sich per ssh eingeloggt.

Die Daten sollen auf einem Raid 1 abgelegt werden, auf die dann per sftp (evtl auch nfs(4?)) zugegriffen wird.

Gibt es nützliche Tools um den Server zu überwachen? Also z.B. die Auslastung der Cores (im Browser?) anzuschauen. Kann ich mdadm so konfigurieren, dass mir einmal wöchentlich der Status des geplanten Raids per Mail zugeschickt wird und im Falle eines Ausfalls einer Festplatte sofort?

Also kurz gefragt: Was würdet ihr als unverzichtbar halten um einen reibungsfreien Betrieb sicherzustellen?

Ich habe bis jetzt, abgesehen von einem privaten Datenserver, so etwas noch nicht wirklich angepackt und würde im Vorfeld schon gerne einige Stolperfallen ausschließen.

Hallo Marco, wenn Du einen reibungsfreien Betrieb sicherstellen willst, schlage ich folgendes vor: - USV (kostet nicht mehr die Welt) - backup (wo speichern die Leute die Ergebnisse ihrer Brechnungen ?). Ein backup ist m.E. sehr wichtig ! Was wäre, wenn die Ergebnisse weg wären ? - Wenn Du RAID1 per Hardwarecontroller löst, haben diese oft eine Weboberfläche, um sich den Status des Controllers anzusehen, und ggf. auch im Fehlerfall eine email zu schicken. Hardware-RAID ist aber nicht unbedingt nötig und macht die Sache auch teuerer. - Wenn die Kiste hochverfügbar sein soll, denk über redundante Netzteile (Netzteile gehen gerne mal kaputt), ggf. auch redundante Netzwerkkarten nach. Netzwerkkarten im bonding macht die Sache natürlich komplizierter. - Auslastung kannst Du ganz simpel erst mal mit top anschauen. Um die Last über längere Zeit zu protokollieren, kannst Du atop nehmen. - Ich geh mal davon aus, daß Rosetta ziemlich rechenintensiv ist. Denk also über mehrere CPU's, auch mit mehreren Cores, nach. Falls Ihr dafür nicht sofort das Geld habt, kauft einen Server, wo man CPU und Speicher nachrüsten kann. Ich habe gute Erfahrungen mit HP ProLiant gemacht. - was meisnt Du mit "wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken" ? Prüf mal, ob eines dieser Programme CUDA unterstützt. Damit könntest Du Berechnungen auf die Grafikkarte auslagern, was die Sache u.U. sehr beschleinigt. Wir setzen das z.B. für R (Statistiksoftware) ein, best. Berechnungen werden im Tempo verzehnfacht. Eine entsprechende Grafikkarte ist nicht teuer. - Wenn die Kiste länger im Betrieb sein soll, denk darüber nach, SLES statt OpenSuSE zu kaufen. Dies wird länger als die OpenSuSE-Produkte gepflegt. Bernd Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) Ingolstädter Landstr. 1 85764 Neuherberg www.helmholtz-muenchen.de Aufsichtsratsvorsitzende: MinDir´in Bärbel Brumme-Bothe Geschäftsführer: Prof. Dr. Günther Wess und Dr. Nikolaus Blum Registergericht: Amtsgericht München HRB 6466 USt-IdNr: DE 129521671 -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Hallo Bernd, danke für Deine Anregungen! Am Dienstag, 29. März 2011, 11:44:11 schrieb Lentes, Bernd:

wenn Du einen reibungsfreien Betrieb sicherstellen willst, schlage ich folgendes vor:

- USV (kostet nicht mehr die Welt) - backup (wo speichern die Leute die Ergebnisse ihrer Brechnungen ?). Ein backup ist m.E. sehr wichtig ! Was wäre, wenn die Ergebnisse weg wären ?

Die Rechnungen laufen auf dem Rechner und die Ergebnisse werden dann auf die entsprechenden Arbeitsplatzrechner der Benutzer kopiert. Diese wiederrum liegen auf einem zentralen Server der entsprechend redundant ist und regelmäßig gebackupt wird. Falls der Rechner ausfällt ist es zwar unschön, aber nicht so tragisch.

- Wenn Du RAID1 per Hardwarecontroller löst, haben diese oft eine Weboberfläche, um sich den Status des Controllers anzusehen, und ggf. auch im Fehlerfall eine email zu schicken. Hardware-RAID ist aber nicht unbedingt nötig und macht die Sache auch teuerer.

Ist im Budget nicht drinne.

- Wenn die Kiste hochverfügbar sein soll, denk über redundante Netzteile (Netzteile gehen gerne mal kaputt), ggf. auch redundante Netzwerkkarten nach. Netzwerkkarten im bonding macht die Sache natürlich komplizierter.

Wie oben schon erläutert ist das nicht nötig. Langfristig (so in einem Jahr) wird der Rechner von einem "richtigen" Server der von der IT beschafft und dann auch verwaltet wird abgelöst.

- Ich geh mal davon aus, daß Rosetta ziemlich rechenintensiv ist. Denk also über mehrere CPU's, auch mit mehreren Cores, nach.

Server ist für den Rechner vielleicht etwas hoch gegriffen, aber im Hinblick darauf, dass langfristig sowieso ein professionelles System angeschafft wird und jetzt erstmal schnell etwas angeschafft werden muss um die Rechnungen laufen zu lassen um keinen Stillstand zu haben ist die Konfiguration eher im oberen Preisniveau eines Desktoprechners angesiedelt. Hexacore i7, 24 GB RAM, 120GB SSD fürs System und 1 TB Raid1 für die Daten, als Grafikkarte eine NVIDIA GT450 (um die Möglichkeite zu haben CUDA zu benutzen). Sobald der Server hier im Haus steht (im Moment werden erstmal Angebote reingeholt und Anschaffungen im öffentlichen Dienst dauern wenn mehr als 100k Euro ausgegeben werden) wird dies der Desktoprechner unseres Chefs. Wir können jetzt arbeiten und unser Chef hat danach einen schönen Desktop-Rechner. Also eine win-win-Sitauation. :-)

- was meisnt Du mit "wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken" ?

XPLOR-NIH, CNS, TALOS, CYANA, ARIA, etc.

Prüf mal, ob eines dieser Programme CUDA unterstützt. Damit könntest Du Berechnungen auf die Grafikkarte auslagern, was die Sache u.U. sehr beschleinigt.

Siehe oben. :-)

- Wenn die Kiste länger im Betrieb sein soll, denk darüber nach, SLES statt OpenSuSE zu kaufen. Dies wird länger als die OpenSuSE-Produkte gepflegt.

Wie schon erwähnt. Erstmal ist eine Laufzeit des Computers als "Rechenknecht" für max. 1 Jahr angedacht. -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Hallo, Am Tue, 29 Mar 2011, Marco Roeben schrieb:

Hexacore i7, 24 GB RAM, 120GB SSD fürs System und 1 TB Raid1 für die Daten, als Grafikkarte eine NVIDIA GT450 (um die Möglichkeite zu haben CUDA zu benutzen).

Du solltest ECC-RAM verwenden und evtl. nen Tesla-Board für CUDA wg. dem ECC-RAM darauf... -dnh -- "I'm nobody's puppet!" -- Rygel XIV -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Marco Röben schrieb:

Das da überhaupt so eine Grafikkarte drin ist liegt vor allem daran, dass die kleineren Modelle von NVIDIA keine zwei Monitore über DVI ansteuern können. Da der PC dann später auf einen Desktoprechner umgemünzt wird und ein nachrüsten bestehender Rechner immer ein verwaltungstechnische Verrenkung ist wurde das jetzt schon erledigt.

Leider sind die Haushaltskassen nicht immer kompatibel mit den Realitäten und die Verwaltung im öffentlichen Dienst nicht besonders flexibel.

Der Rechner muss jetzt ca. 1 Jahr seinen Dienst so verrichten, danach kommt ein, von der EDV angeschaffter, Server ins Haus. Soweit ich die Spezifikation mitbekommen habe mind. 32 Cores (Intel Xeon), RAM jenseits der 100GB mit ordentlichen SAS Platten.

Hallo Marco, Wenn Ihr jetzt für diesen Zweck einen besseren Desktoprechner kauft, später aber einen Server mit mind. 32 Cores und <100GB RAM und SAS-Platten, ist entweder der Desktop total unterdimensioniert oder der Server total überdimensioniert. Wird der Server beschafft nach dem Motto "Wir haben jetzt soviel Geld bekommen und müssen es raus hauen, da es ansonsten verfällt ?" Könnt Ihr das nicht eventl. sinnvoller einsetzen, oder braucht Ihr wirklich diese Power ? Ich arbeite übrigens selbst im öffentlichen Dienst und kenn die Problematik. Trotzdem kann man da auch viel steuern. Bernd Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) Ingolstädter Landstr. 1 85764 Neuherberg www.helmholtz-muenchen.de Aufsichtsratsvorsitzende: MinDir´in Bärbel Brumme-Bothe Geschäftsführer: Prof. Dr. Günther Wess und Dr. Nikolaus Blum Registergericht: Amtsgericht München HRB 6466 USt-IdNr: DE 129521671 -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Marco Roeben schrieb:

Der große Server wird natürlich nicht nur für uns angeschafft. Unsere Rechnungen sind vergleichsweise harmlos und anspruchslos im Gegensatz zu denen die darauf hauptsächlich laufen sollen. Ich denke das dort unter anderem dann richtige Moleküldynamiken gerechnet werden sollen. Diese laufen dann auch schon mal locker auf so einem Server mehrere Wochen. Je nachdem welcher Zeitraum für die Dynamik betrachtet wird.

Wenn solche Berechnungen wirklich Wochen laufen, muss der Server hochverfügbar sein. Wenn so eine Berechnung nach einer Woche wegen eines Defektes abgebrochen wird, ist das sehr ärgerlich. Wäre nicht eventl. ein kleiner Cluster sinnvoll ? Voraussetzung hier ist allerdings, daß die Probleme parallelisierbar sind. Bernd Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) Ingolstädter Landstr. 1 85764 Neuherberg www.helmholtz-muenchen.de Aufsichtsratsvorsitzende: MinDir´in Bärbel Brumme-Bothe Geschäftsführer: Prof. Dr. Günther Wess und Dr. Nikolaus Blum Registergericht: Amtsgericht München HRB 6466 USt-IdNr: DE 129521671 -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

On 29.03.2011, Marco Roeben wrote:

ich habe die Ehre hier bei uns auf der Arbeit einen openSUSE-Server einrichten zu dürfen. Darauf sollen vor allem, neben einigen wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken, Rosetta [1] laufen um Proteinstrukturen zu berechnen.

Fuer einen stabilen Server wuerde ich dir dringend zu CentOS raten, opensuse hat sich dafuer auf meinen Systemen mit zunehmender Versionsgroesse immer weniger als geeignet erwiesen. -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Am 01.04.2011 um 16:23 schrieb Heinz Diehl :

On 29.03.2011, Marco Roeben wrote:

...

ich habe die Ehre hier bei uns auf der Arbeit einen openSUSE-Server einrichten zu dürfen. Darauf sollen vor allem, neben einigen wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken, Rosetta [1] laufen um Proteinstrukturen zu berechnen.

Fuer einen stabilen Server wuerde ich dir dringend zu CentOS raten, opensuse hat sich dafuer auf meinen Systemen mit zunehmender Versionsgroesse immer weniger als geeignet erwiesen.

-- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Leider ggf. auch Debian.-- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org

Am Freitag, 1. April 2011, 19:14:36 schrieb Matthias Praunegger:

Am 1. April 2011 16:23 schrieb Heinz Diehl :

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On 29.03.2011, Marco Roeben wrote:

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ich habe die Ehre hier bei uns auf der Arbeit einen openSUSE-Server einrichten zu dürfen. Darauf sollen vor allem, neben einigen wissenschaftliche Programmen für die Berechnung von Moledynamiken, Rosetta [1] laufen um Proteinstrukturen zu berechnen.

Fuer einen stabilen Server wuerde ich dir dringend zu CentOS raten, opensuse hat sich dafuer auf meinen Systemen mit zunehmender Versionsgroesse immer weniger als geeignet erwiesen.

Ich würde jetzt nicht gleich den Sprung auf eine komplett andere Distribution raten, aber sollte es sich wirklich überlegen. Es hat sich in der Tat einiges verändert. Ja, warum ist denn das nur so? Diese Entwicklung ist doch mehr als schade, war SUSE ja immer bestens dafür geeignet, dass man a) was hübsches am Desktop und b) auch stabile Server im Hintergrund hat.

Also ich hatte noch nie (größere) Probleme mit openSUSE. Erstmal wird das ausprobiert und wenn wieder erwarten mir doch das System um die Ohren fliegt werden die Alternativen wie CentOS oder Debian erörtert. Drückt die Daumen, dass openSUSE sich gut schlägt, da ansonsten hier Fedora die vorherrschende Distribution ist. Im Moment läuft der Rechner seit fast einer Woche stabil und ohne Probleme. Memtest lief ohne Probleme durch und auch ein CPU-Stresstest [1] wurde ohne Probleme gemeistert. Das Raid wird mittels mdadm überwacht und ich bekomme wie gewollt eine Mail, bei etwaigen Ausfällen. Ansonsten habe ich mich für munin zur weiteren Überwachung entschieden. Auch dort habe ich entsprechende Plugins eingebunden um die smart-Werte der Festplatten, Temperatur-, Lüfter-Werte abgreifen. Aus Kompatibilität zum Rest des Netzes (oder besser zu den Gewohnheiten der Nutzer) musste ich auch Telnet und ftp aktivieren. Beides per xinetd und läuft problemlos. Die ersten Rechnungen zur Proteinfaltung liefen in den letzten Tagen auch schon. Kollegen und Chef sind soweit zufrieden. Etwaiges feintuning kommt dann bei Bedarf, wie z.B. AppArmor. AppArmor ist für mich im Moment jedoch noch ein Buch mit mind. sieben Siegeln und habe gerade auch nicht die Zeit mich da einzulesen und bin mir auch nicht so sicher ob ich das unbedingt brauche. MfG Marco [1] http://weather.ou.edu/~apw/projects/stress/ -- Um die Liste abzubestellen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+unsubscribe@opensuse.org Um eine Liste aller verfuegbaren Kommandos zu bekommen, schicken Sie eine Mail an: opensuse-de+help@opensuse.org