Linux muy lento con gran cantidad de directorios

tengo un problema con el acceso a directorios en Linux. He creado un script genera miles de directorios de forma recursiva, es decir, q dentro de un directorio hay otros miles de directorios. Ahora mismo tengo un total de casi 2 millones de directorios creados. Resulta que cada vez va mas lento el sistema de añadir nuevos directorios, y el acceso a ellos. El formato que tengo es ext3, con inodos de 1K. me interesa mantener el formato a ext3 y no otro sistema. ¿esto de la velocidad de acceso a un directorio tiene solucion? ¿o es que linux es lento con grandes volumenes de ficheros? Saludos Mauro