Am 05.09.24 um 18:04 schrieb Kimmo Elo:

müsstest du libgdal-devel nachinstallieren.

Danke für deine Antwort aber libgdal-devel wird leider nicht bei opensuse angeboten (jedenfalls yast) hab es dann bei rpmfind gefunden am Ende der rpm-Installation:

package gdal-devel-3.8.3-bp156.1.13.x86_64 is already installed

nanu, wird ja unter yast nicht angezeigt! Rstudio neu gestartet: am Ende wieder

configure: GDAL: 3.8.3 checking for proj.h... no checking for proj_api.h... no configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations. ERROR: configuration failed for package ‘sf’

... widersprüchliche Ergebnisse ... ... vll. muss da in irgendeiner confi was geändert werden, aber wo ? Frank

Am 05.09.24 um 18:49 schrieb Stephan Hemeier: Hallo, Stephan

Deswegen such ich nie mit dem ganzen Namen, sondern immer nur mit einem Teil: gdal

ok, hatte nach lib gesucht

Das würde ich lassen, da passen dann evtl. die Versionen nicht usw. Besser wäre hier zu fragen. ok

Aber wenn du schon etwas selber kompilieren möchtest,

? nanu, rpm -Uihv ist schon kompilieren ??

proj-devel hab jetzt die von dir installiert

aber:

checking for geos-config... no

hab jetzt noch geos und geos-level installiert aber scheitert am ende:

g++ -std=gnu++17 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o sf.so RcppExports.o bbox.o gdal.o gdal_geom.o gdal_read.o gdal_read_stream.o gdal_utils.o gdal_write.o geos.o hex.o mdim.o ops.o polygonize.o proj.o proj_info.o raster2sf.o sfc-sfg.o signed_area.o stars.o wkb.o zm_range.o -lproj -L/usr/lib64 -lgdal -L/usr/lib64 -lgeos_c -L/usr/lib64/R/lib -lR noch ok

installing to ...../R/x86_64-suse-linux-gnu-library/4.3/00LOCK-sf/00new/sf/libs ** R ** demo ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading in Methode ‘dbWriteTable’ für Signatur ‘"PostgreSQLConnection","character","sf"’: keine Definition der Klasse “PostgreSQLConnection” in Methode ‘dbDataType’ für Signatur ‘"PostgreSQLConnection","sf"’: keine Definition der Klasse “PostgreSQLConnection” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"Spatial","sf"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"Spatial","sfc"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"sf","Spatial"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"sfc","Spatial"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"XY","Spatial"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"crs","CRS"’: keine Definition der Klasse “CRS” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"sgbp","sparseMatrix"’: keine Definition der Klasse “sparseMatrix” Problem ?

** help *** installing help indices *** copying figures ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location sh: Zeile 1: 22823 Speicherzugriffsfehler (Speicherabzug geschrieben) R_TESTS= '/usr/lib64/R/bin/R' --no-save --no-restore --no-echo 2>&1 < '/tmp/RtmpmepR3A/file560a6c62cc87'

*** caught segfault *** address 0x560f4cbe4d9b, cause 'memory not mapped' An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ... ERROR: loading failed

Speicherzugriffsfehler?? nur temporäres Problem (auf meinem Rechner oder ...)??? sch...ade Frank

Hallo nochmals, schau mal hier, welche Systemrequirements erfüllt werden müssen: https://cloud.r-project.org/web/packages/sf/index.html Nebst GADL und PROJ musst noch sqlite3 installiert sein, auch davon die dev-Pakete. Seine Errors deuten ja auf SQL-Fehler hin... HTH, Kimmo Stephan Hemeier kirjoitti 5.9.2024 klo 19.38:

Am Donnerstag, 5. September 2024, 18:00:55 CEST schrieb eilfh:

...

checking for proj.h... no checking for proj_api.h... no

Das sind meist die entsprechenden -devel pakete: proj-devel

Stephan

Hallo, statt das Handtuch zu werfen, lieber dies noch probieren :-) https://stackoverflow.com/questions/67133013/error-package-or-namespace-load... Siehe vor allem die beiden Anworten. BG, Kimmo ________________________________ ________________________________ Kohteesta: eilfh <eilfh156@posteo.de> Lähetetty: perjantaina, syyskuuta 6, 2024 11:07:25 ip. Vastaanottaja: users-de@lists.opensuse.org <users-de@lists.opensuse.org> Aihe: Re: Installation von sf unter r schlaegt fehl Am 06.09.24 um 08:49 schrieb Kimmo Elo:

Nebst GADL und PROJ musst noch sqlite3 installiert sein, auch davon die dev-Pakete. Seine Errors deuten ja auf SQL-Fehler hin...

Hallo, Kimmo, vielen Dank für deine Unterstützung

Nebst GADL und PROJ musst noch sqlite3 installiert sein, auch davon die dev-Pakete. Seine Errors deuten ja auf SQL-Fehler hin...

sqlite3 war installiert hab dann noch nach dev-paketen dazu gesucht und sqlite3-dev nachinstalliert da die Fehlermitteilungen von R (bzw. R-Studio)

installing to ..../R/x86_64-suse-linux-gnu-library/4.3/00LOCK-sf/00new/sf/libs ** R ** demo ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading in Methode ‘dbWriteTable’ für Signatur ‘"PostgreSQLConnection","character","sf"’: keine Definition der Klasse “PostgreSQLConnection” in Methode ‘dbDataType’ für Signatur ‘"PostgreSQLConnection","sf"’: keine Definition der Klasse “PostgreSQLConnection” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"Spatial","sf"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"Spatial","sfc"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"sf","Spatial"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"sfc","Spatial"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"XY","Spatial"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"crs","CRS"’: keine Definition der Klasse “CRS” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"sgbp","sparseMatrix"’: keine Definition der Klasse “sparseMatrix” ** help *** installing help indices *** copying figures ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location sh: Zeile 1: 1922 Speicherzugriffsfehler (Speicherabzug geschrieben) R_TESTS= '/usr/lib64/R/bin/R' --no-save --no-restore --no-echo 2>&1 < '/tmp/RtmpYz7EXo/file443180cc9c7'

auf PostgreSQLconnection lauten, hab ich auch die PostgreSql-dev nachinstalliert, aber die Situation ist unverändert: (Fortsetzung:)

*** caught segfault *** address 0x55fdeb46294a, cause 'memory not mapped' An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ... ERROR: loading failed * removing ‘..../R/x86_64-suse-linux-gnu-library/4.3/sf’ Warning in install.packages : Installation des Pakets ‘sf’ hatte Exit-Status ungleich 0

Sch...ade, (... soll wohl nicht sein, sch...ade) Frank

Hallo nochmals, ich denke, du solltest erst R updaten auf die neueste version. Danach könnte es klappen. Ich selbst habe die entsprechenden Repos von cran eingebuden und "sf' läuft problemlos. Gruss, Kimmo ________________________________ Kohteesta: eilfh <eilfh156@posteo.de> Lähetetty: sunnuntaina, syyskuuta 8, 2024 12:09:45 ap. Vastaanottaja: users-de@lists.opensuse.org <users-de@lists.opensuse.org> Aihe: Re: Installation von sf unter r schlaegt fehl Am 06.09.24 um 22:28 schrieb Kimmo Elo: Hallo, Kimmo hallo, Stephan danke für eure Antworten

du nur Pakete aus den von dir eingebundenen Repos nachinstallierst? Nennen sich meist xxxxxx-devel

nach besten Wissen unter yast alle -devel kontrolliert und dann dieses:

https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fstackoverflow.com%2Fquestions%2F67133013%2Ferror-package-or-namespace-load-failed-for-sf&data=05%7C02%7Ckimmo.elo%40uef.fi%7C6377c3d8354b4427a2bd08dccf8163dd%7C87879f2e73044bf2baf263e7f83f3c34%7C0%7C0%7C638613401850715864%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=P4TeTPh64nvk3mhIEmhUaQO0N0xRNCOKq2V4%2BmEHMFo%3D&reserved=0<https://stackoverflow.com/questions/67133013/error-package-or-namespace-load-failed-for-sf>

sessionInfo() R version 4.3.1 (2023-06-16) Platform: x86_64-suse-linux-gnu (64-bit) Running under: openSUSE Leap 15.6

Matrix products: default BLAS: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRlapack.so; LAPACK version 3.11.0

locale: [1] LC_CTYPE=de_DE.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=de_DE.UTF-8 [4] LC_COLLATE=de_DE.UTF-8 LC_MONETARY=de_DE.UTF-8 LC_MESSAGES=de_DE.UTF-8 [7] LC_PAPER=de_DE.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

time zone: Europe/Berlin tzcode source: system (glibc)

attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

loaded via a namespace (and not attached): [1] compiler_4.3.1 tools_4.3.1 rstudioapi_0.16.0

weiter:

install.packages("rgdal") Installiere Paket nach ‘...../R/x86_64-suse-linux-gnu-library/4.3’ (da ‘lib’ nicht spezifiziert) Warning in install.packages : package ‘rgdal’ is not available for this version of R

... leider nicht für diese Version ... gdal und geos sind vorhanden:

localhost:~ # ldconfig -p | grep gdal libgdal.so.34 (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libgdal.so.34 libgdal.so (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libgdal.so localhost:~ #

ldconfig -p | grep geos libgeos_c.so.1 (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libgeos_c.so.1 libgeos_c.so (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libgeos_c.so libgeos.so.3.11.2 (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libgeos.so.3.11.2 libgeos.so (libc6,x86-64) => /usr/lib64/libgeos.so

Installation aus der Quelle:

...

packageUrl <- "https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fcran.r-project.org%2Fsrc%2Fcontrib%2FArchive%2Fsf%2Fsf_1.0-16.tar.gz&data=05%7C02%7Ckimmo.elo%40uef.fi%7C6377c3d8354b4427a2bd08dccf8163dd%7C87879f2e73044bf2baf263e7f83f3c34%7C0%7C0%7C638613401850727463%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=41Kxkj1hOi6SbQNNiLepL8pGQ71Mw7B%2BKSBDshZY1tE%3D&reserved=0<https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/sf/sf_1.0-16.tar.gz>" install.packages(packageUrl, repos=NULL, type = "source")

Kompilerung läuft ja durch: letzten Zeilen des Kompilerlaufs:

g++ -std=gnu++17 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o sf.so RcppExports.o bbox.o gdal.o gdal_geom.o gdal_read.o gdal_read_stream.o gdal_utils.o gdal_write.o geos.o hex.o mdim.o ops.o polygonize.o proj.o proj_info.o raster2sf.o sfc-sfg.o signed_area.o stars.o wkb.o zm_range.o -lproj -L/usr/lib64 -lgdal -L/usr/lib64 -lgeos_c -L/usr/lib64/R/lib -lR installing to /...../R/x86_64-suse-linux-gnu-library/4.3/00LOCK-sf/00new/sf/libs ** R ** demo ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading in Methode ‘dbWriteTable’ für Signatur ‘"PostgreSQLConnection","character","sf"’: keine Definition der Klasse “PostgreSQLConnection” in Methode ‘dbDataType’ für Signatur ‘"PostgreSQLConnection","sf"’: keine Definition der Klasse “PostgreSQLConnection” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"Spatial","sf"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"Spatial","sfc"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"sf","Spatial"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"sfc","Spatial"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"XY","Spatial"’: keine Definition der Klasse “Spatial” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"crs","CRS"’: keine Definition der Klasse “CRS” in Methode ‘coerce’ für Signatur ‘"sgbp","sparseMatrix"’: keine Definition der Klasse “sparseMatrix” ** help *** installing help indices *** copying figures ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location sh: Zeile 1: 25433 Speicherzugriffsfehler (Speicherabzug geschrieben) R_TESTS= '/usr/lib64/R/bin/R' --no-save --no-restore --no-echo 2>&1 < '/tmp/RtmpBV5I2L/file603b422f707b'

*** caught segfault *** address 0x5590114449ed, cause 'memory not mapped' An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ... ERROR: loading failed * removing ‘..../R/x86_64-suse-linux-gnu-library/4.3/sf’ Warning in install.packages : Installation des Pakets ‘/tmp/RtmpoxyEYC/downloaded_packages/sf_1.0-16.tar.gz’ hatte Exit-Status ungleich 0

... und der Fehler tritt ja erst bei der demo auf ... postgresql (... und auch die in yast dazu angebotenen -devel) sind lt. yast installiert ... nun, ja, wäre ja schön gewesen ... trotzdem danke für eure Mühe Frank p.s. schönes Wochenende d.o.

Am 06.09.24 um 22:28 schrieb Kimmo Elo: Hallo, RSQlite, RPostgres u.v.a. mehr nachinstalliert die Anzahl der Fehlermitteilungen werden zwar weniger bei der Installation von RPostgreSQL:

libpq-fe.h: Datei ... nicht gefunden

nach vielen Compilerläufen bleiben: lwgeom mapview raster RPostgreSQL stars terra tmap z.T. werden auch leafpop, leaflet und satellite noch genannt also sf läuft noch nicht wo kann man noch ansetzen Frank

Am 20.09.24 um 07:14 schrieb Kimmo Elo:

meine frühere Empfehlung gilt immer noch: die neueste R-Version installieren. Dies, weil viele Pakete rapide aktualisiert werden und daher mit älteren R-Versionen nicht kompatibel sind.

Hallo, Kimmo, danke für deinen Hinweis Für openSuse 15.6 gibt es leider keine offiziellen Pakete, hab mich aber trotzdem an die Versuchspakete 'rangewagt! (ein bisschen wie das Foto: Mittagspause auf dem Rockefeller-Wolkenkratzer --- so "schwindelfrei" bin ich nicht -- auch bei linux nicht) Ich hab die von devel genommen. viele Pakete konnte ich installieren aber sf, tmaps, terra, stars, rposgresql, raster, mapview, lwgeo scheitern vermutlich fehlt irgendwo ein link: häufig im Verlauf: (Auszug) ... checking GDAL: linking with --libs only... no checking GDAL: linking with --libs and --dep-libs... no /usr/lib64/gcc/x86_64-suse-linux/7/../../../../x86_64-suse-linux/bin/ld: /usr/lib64/libspatialite.so.8: undefined reference to `freexl_open_xlsx' ... GDAL ist aktuell, alle diesbezüglichen Pakete unter openSuSe 15.6. bzw. R habe ich installiert. Danke für Deine Mühe, das Problem ist z.Zt. -für mich- leider nicht lösbar Frank