Installation von sf unter r schlaegt fehl
Hallo, * die Installation von sf unter R schlägt fehl am Ende: checking GDAL: checking whether PROJ is available for running:... yes configure: GDAL: 3.8.3 checking for proj.h... no checking for proj_api.h... no configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations. ERROR: configuration failed for package ‘sf’ * removing ‘/home/uli/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/4.3/sf’ Warning in install.packages : Installation des Pakets ‘sf’ hatte Exit-Status ungleich 0 Welche Programme muss ich nachinstallieren bzw. Welche config muss geändert werden? System ist tag-aktuell: openSUSE Leap 15.6 Vielen Dank im Voraus Frank
Hallo, wenn ich es richtig im Kopf habe, müsstest du libgdal-devel nachinstallieren. Gruss, Kimmo ________________________________ Kohteesta: eilfh <eilfh156@posteo.de> Lähetetty: torstaina, syyskuuta 5, 2024 7:01:42 ip. Vastaanottaja: opensuse-de@opensuse.org <opensuse-de@opensuse.org> Aihe: Installation von sf unter r schlaegt fehl Hallo, * die Installation von sf unter R schlägt fehl am Ende: checking GDAL: checking whether PROJ is available for running:... yes configure: GDAL: 3.8.3 checking for proj.h... no checking for proj_api.h... no configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations. ERROR: configuration failed for package ‘sf’ * removing ‘/home/uli/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/4.3/sf’ Warning in install.packages : Installation des Pakets ‘sf’ hatte Exit-Status ungleich 0 Welche Programme muss ich nachinstallieren bzw. Welche config muss geändert werden? System ist tag-aktuell: openSUSE Leap 15.6 Vielen Dank im Voraus Frank
Am 05.09.24 um 18:04 schrieb Kimmo Elo:
müsstest du libgdal-devel nachinstallieren.
Danke für deine Antwort aber libgdal-devel wird leider nicht bei opensuse angeboten (jedenfalls yast) hab es dann bei rpmfind gefunden am Ende der rpm-Installation:
package gdal-devel-3.8.3-bp156.1.13.x86_64 is already installed
nanu, wird ja unter yast nicht angezeigt! Rstudio neu gestartet: am Ende wieder
... widersprüchliche Ergebnisse ... ... vll. muss da in irgendeiner confi was geändert werden, aber wo ? Frank
Am Donnerstag, 5. September 2024, 18:43:38 CEST schrieb eilfh:
aber libgdal-devel wird leider nicht bei opensuse angeboten (jedenfalls yast)
Deswegen such ich nie mit dem ganzen Namen, sondern immer nur mit einem Teil: gdal Und da käme dann das:
package gdal-devel-3.8.3-bp156.1.13.x86_64 is already installed
Anderer Namen als Fedora oder wer auch immer.
Aber wenn du schon etwas selber kompilieren möchtest, solltest du dich mit den grundsätzlichen Voraussetzungen der Kompilierung befassen. Stephan
Am 05.09.24 um 18:49 schrieb Stephan Hemeier: Hallo, Stephan
Deswegen such ich nie mit dem ganzen Namen, sondern immer nur mit einem Teil: gdal
ok, hatte nach lib gesucht
Aber wenn du schon etwas selber kompilieren möchtest,
? nanu, rpm -Uihv ist schon kompilieren ??
proj-devel hab jetzt die von dir installiert
aber:
checking for geos-config... no
hab jetzt noch geos und geos-level installiert aber scheitert am ende:
g++ -std=gnu++17 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o sf.so RcppExports.o bbox.o gdal.o gdal_geom.o gdal_read.o gdal_read_stream.o gdal_utils.o gdal_write.o geos.o hex.o mdim.o ops.o polygonize.o proj.o proj_info.o raster2sf.o sfc-sfg.o signed_area.o stars.o wkb.o zm_range.o -lproj -L/usr/lib64 -lgdal -L/usr/lib64 -lgeos_c -L/usr/lib64/R/lib -lR noch ok
Speicherzugriffsfehler?? nur temporäres Problem (auf meinem Rechner oder ...)??? sch...ade Frank
Hallo nochmals, schau mal hier, welche Systemrequirements erfüllt werden müssen: https://cloud.r-project.org/web/packages/sf/index.html Nebst GADL und PROJ musst noch sqlite3 installiert sein, auch davon die dev-Pakete. Seine Errors deuten ja auf SQL-Fehler hin... HTH, Kimmo Stephan Hemeier kirjoitti 5.9.2024 klo 19.38:
Am 06.09.24 um 08:49 schrieb Kimmo Elo:
Nebst GADL und PROJ musst noch sqlite3 installiert sein, auch davon die dev-Pakete. Seine Errors deuten ja auf SQL-Fehler hin...
Hallo, Kimmo, vielen Dank für deine Unterstützung
Nebst GADL und PROJ musst noch sqlite3 installiert sein, auch davon die dev-Pakete. Seine Errors deuten ja auf SQL-Fehler hin...
sqlite3 war installiert hab dann noch nach dev-paketen dazu gesucht und sqlite3-dev nachinstalliert da die Fehlermitteilungen von R (bzw. R-Studio)
auf PostgreSQLconnection lauten, hab ich auch die PostgreSql-dev nachinstalliert, aber die Situation ist unverändert: (Fortsetzung:)
Sch...ade, (... soll wohl nicht sein, sch...ade) Frank
Hallo, statt das Handtuch zu werfen, lieber dies noch probieren :-) https://stackoverflow.com/questions/67133013/error-package-or-namespace-load... Siehe vor allem die beiden Anworten. BG, Kimmo ________________________________ ________________________________ Kohteesta: eilfh <eilfh156@posteo.de> Lähetetty: perjantaina, syyskuuta 6, 2024 11:07:25 ip. Vastaanottaja: users-de@lists.opensuse.org <users-de@lists.opensuse.org> Aihe: Re: Installation von sf unter r schlaegt fehl Am 06.09.24 um 08:49 schrieb Kimmo Elo:
Nebst GADL und PROJ musst noch sqlite3 installiert sein, auch davon die dev-Pakete. Seine Errors deuten ja auf SQL-Fehler hin...
Hallo, Kimmo, vielen Dank für deine Unterstützung
Nebst GADL und PROJ musst noch sqlite3 installiert sein, auch davon die dev-Pakete. Seine Errors deuten ja auf SQL-Fehler hin...
sqlite3 war installiert hab dann noch nach dev-paketen dazu gesucht und sqlite3-dev nachinstalliert da die Fehlermitteilungen von R (bzw. R-Studio)
auf PostgreSQLconnection lauten, hab ich auch die PostgreSql-dev nachinstalliert, aber die Situation ist unverändert: (Fortsetzung:)
Sch...ade, (... soll wohl nicht sein, sch...ade) Frank
Am 06.09.24 um 22:28 schrieb Kimmo Elo: Hallo, Kimmo hallo, Stephan danke für eure Antworten
du nur Pakete aus den von dir eingebundenen Repos nachinstallierst? Nennen sich meist xxxxxx-devel
nach besten Wissen unter yast alle -devel kontrolliert und dann dieses:
https://stackoverflow.com/questions/67133013/error-package-or-namespace-load...
weiter:
... leider nicht für diese Version ... gdal und geos sind vorhanden:
Installation aus der Quelle:
packageUrl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/sf/sf_1.0-16.tar.gz" install.packages(packageUrl, repos=NULL, type = "source")
Kompilerung läuft ja durch: letzten Zeilen des Kompilerlaufs:
... und der Fehler tritt ja erst bei der demo auf ... postgresql (... und auch die in yast dazu angebotenen -devel) sind lt. yast installiert ... nun, ja, wäre ja schön gewesen ... trotzdem danke für eure Mühe Frank p.s. schönes Wochenende d.o.
Hallo nochmals, ich denke, du solltest erst R updaten auf die neueste version. Danach könnte es klappen. Ich selbst habe die entsprechenden Repos von cran eingebuden und "sf' läuft problemlos. Gruss, Kimmo ________________________________ Kohteesta: eilfh <eilfh156@posteo.de> Lähetetty: sunnuntaina, syyskuuta 8, 2024 12:09:45 ap. Vastaanottaja: users-de@lists.opensuse.org <users-de@lists.opensuse.org> Aihe: Re: Installation von sf unter r schlaegt fehl Am 06.09.24 um 22:28 schrieb Kimmo Elo: Hallo, Kimmo hallo, Stephan danke für eure Antworten
du nur Pakete aus den von dir eingebundenen Repos nachinstallierst? Nennen sich meist xxxxxx-devel
nach besten Wissen unter yast alle -devel kontrolliert und dann dieses:
weiter:
... leider nicht für diese Version ... gdal und geos sind vorhanden:
Installation aus der Quelle:
packageUrl <- "https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fcran.r-project.org%2Fsrc%2Fcontrib%2FArchive%2Fsf%2Fsf_1.0-16.tar.gz&data=05%7C02%7Ckimmo.elo%40uef.fi%7C6377c3d8354b4427a2bd08dccf8163dd%7C87879f2e73044bf2baf263e7f83f3c34%7C0%7C0%7C638613401850727463%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=41Kxkj1hOi6SbQNNiLepL8pGQ71Mw7B%2BKSBDshZY1tE%3D&reserved=0<https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/sf/sf_1.0-16.tar.gz>" install.packages(packageUrl, repos=NULL, type = "source")
Kompilerung läuft ja durch: letzten Zeilen des Kompilerlaufs:
... und der Fehler tritt ja erst bei der demo auf ... postgresql (... und auch die in yast dazu angebotenen -devel) sind lt. yast installiert ... nun, ja, wäre ja schön gewesen ... trotzdem danke für eure Mühe Frank p.s. schönes Wochenende d.o.
Am 08.09.24 um 08:20 schrieb Kimmo Elo:
du solltest erst R updaten auf die neueste version. Danach könnte es klappen. Ich selbst habe die entsprechenden Repos von cran eingebuden
hallo, Kimmo danke für deine Antwort unter yast (opensuse 15.6) wird nur diese Programmversion (4.3.1.) angeboten in RStudio habe ich (nur) Germany (Göttingen) [https] - GWDG Göttingen eingebunden bei den meistens skripten rufe ich als erstes updater auf schönen Restsonntag Frank
Am 06.09.24 um 22:28 schrieb Kimmo Elo: Hallo, RSQlite, RPostgres u.v.a. mehr nachinstalliert die Anzahl der Fehlermitteilungen werden zwar weniger bei der Installation von RPostgreSQL:
libpq-fe.h: Datei ... nicht gefunden
nach vielen Compilerläufen bleiben: lwgeom mapview raster RPostgreSQL stars terra tmap z.T. werden auch leafpop, leaflet und satellite noch genannt also sf läuft noch nicht wo kann man noch ansetzen Frank
Hallo, meine frühere Empfehlung gilt immer noch: die neueste R-Version installieren. Dies, weil viele Pakete rapide aktualisiert werden und daher mit älteren R-Versionen nicht kompatibel sind. HTH, Kimmo eilfh kirjoitti 19.9.2024 klo 19.33:
-- Kimmo Elo Yliopistonlehtori | Dosentti, valtiotiet. tri ======================================================== Itä-Suomen yliopisto Historia- ja maantieteiden laitos PL 111 80101 Joensuu Puhelin: +358 50 463 8584 Sposti: kimmo.elo@uef.fi ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Kimmo_Elo LAWPOL-konsortio (PI): https://lawpol.fi ========================================================
Am 20.09.24 um 07:14 schrieb Kimmo Elo:
Hallo, Kimmo, danke für deinen Hinweis Für openSuse 15.6 gibt es leider keine offiziellen Pakete, hab mich aber trotzdem an die Versuchspakete 'rangewagt! (ein bisschen wie das Foto: Mittagspause auf dem Rockefeller-Wolkenkratzer --- so "schwindelfrei" bin ich nicht -- auch bei linux nicht) Ich hab die von devel genommen. viele Pakete konnte ich installieren aber sf, tmaps, terra, stars, rposgresql, raster, mapview, lwgeo scheitern vermutlich fehlt irgendwo ein link: häufig im Verlauf: (Auszug) ... checking GDAL: linking with --libs only... no checking GDAL: linking with --libs and --dep-libs... no /usr/lib64/gcc/x86_64-suse-linux/7/../../../../x86_64-suse-linux/bin/ld: /usr/lib64/libspatialite.so.8: undefined reference to `freexl_open_xlsx' ... GDAL ist aktuell, alle diesbezüglichen Pakete unter openSuSe 15.6. bzw. R habe ich installiert. Danke für Deine Mühe, das Problem ist z.Zt. -für mich- leider nicht lösbar Frank
Hallo, wenn ich es richtig im Kopf habe, müsstest du libgdal-devel nachinstallieren. Gruss, Kimmo ________________________________ Kohteesta: eilfh <eilfh156@posteo.de> Lähetetty: torstaina, syyskuuta 5, 2024 7:01:42 ip. Vastaanottaja: opensuse-de@opensuse.org <opensuse-de@opensuse.org> Aihe: Installation von sf unter r schlaegt fehl Hallo, * die Installation von sf unter R schlägt fehl am Ende: checking GDAL: checking whether PROJ is available for running:... yes configure: GDAL: 3.8.3 checking for proj.h... no checking for proj_api.h... no configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations. ERROR: configuration failed for package ‘sf’ * removing ‘/home/uli/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/4.3/sf’ Warning in install.packages : Installation des Pakets ‘sf’ hatte Exit-Status ungleich 0 Welche Programme muss ich nachinstallieren bzw. Welche config muss geändert werden? System ist tag-aktuell: openSUSE Leap 15.6 Vielen Dank im Voraus Frank
Am 05.09.24 um 18:04 schrieb Kimmo Elo:
müsstest du libgdal-devel nachinstallieren.
Danke für deine Antwort aber libgdal-devel wird leider nicht bei opensuse angeboten (jedenfalls yast) hab es dann bei rpmfind gefunden am Ende der rpm-Installation:
package gdal-devel-3.8.3-bp156.1.13.x86_64 is already installed
nanu, wird ja unter yast nicht angezeigt! Rstudio neu gestartet: am Ende wieder
... widersprüchliche Ergebnisse ... ... vll. muss da in irgendeiner confi was geändert werden, aber wo ? Frank
Am Donnerstag, 5. September 2024, 18:43:38 CEST schrieb eilfh:
aber libgdal-devel wird leider nicht bei opensuse angeboten (jedenfalls yast)
Deswegen such ich nie mit dem ganzen Namen, sondern immer nur mit einem Teil: gdal Und da käme dann das:
package gdal-devel-3.8.3-bp156.1.13.x86_64 is already installed
Anderer Namen als Fedora oder wer auch immer.
Aber wenn du schon etwas selber kompilieren möchtest, solltest du dich mit den grundsätzlichen Voraussetzungen der Kompilierung befassen. Stephan
Am 05.09.24 um 18:49 schrieb Stephan Hemeier: Hallo, Stephan
Deswegen such ich nie mit dem ganzen Namen, sondern immer nur mit einem Teil: gdal
ok, hatte nach lib gesucht
Aber wenn du schon etwas selber kompilieren möchtest,
? nanu, rpm -Uihv ist schon kompilieren ??
proj-devel hab jetzt die von dir installiert
aber:
checking for geos-config... no
hab jetzt noch geos und geos-level installiert aber scheitert am ende:
g++ -std=gnu++17 -shared -L/usr/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o sf.so RcppExports.o bbox.o gdal.o gdal_geom.o gdal_read.o gdal_read_stream.o gdal_utils.o gdal_write.o geos.o hex.o mdim.o ops.o polygonize.o proj.o proj_info.o raster2sf.o sfc-sfg.o signed_area.o stars.o wkb.o zm_range.o -lproj -L/usr/lib64 -lgdal -L/usr/lib64 -lgeos_c -L/usr/lib64/R/lib -lR noch ok
Speicherzugriffsfehler?? nur temporäres Problem (auf meinem Rechner oder ...)??? sch...ade Frank
Hallo nochmals, schau mal hier, welche Systemrequirements erfüllt werden müssen: https://cloud.r-project.org/web/packages/sf/index.html Nebst GADL und PROJ musst noch sqlite3 installiert sein, auch davon die dev-Pakete. Seine Errors deuten ja auf SQL-Fehler hin... HTH, Kimmo Stephan Hemeier kirjoitti 5.9.2024 klo 19.38:
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