Kernspin-Bildbetrachter gesucht
Hallo, ich habe hier eine CD von einer Kernspin(MRT)-Untersuchung. Die Bilder sind im s.g. DICOM-Format gespeichert. Früher hatte ich zum Betrachten aeskulap verwendet. Doch dafür kann ich keine Installationsquelle mehr finden, auch scheint das Programm nicht mehr weiterentwickelt zu werden (letzte Änderung 2007). Bisher konnte ich allgemein kein aktuelles Repositiory mit medizinischen Programmen entdecken. Als alternatives Programm kommt wohl "amide" in Frage, konnte aber für opensuse nichts finden, wo ich das installieren kann (für ubuntu kein Problem). Ps. Gimp kann die Datien zwar öffnen, werden aber falsch dargestellt - man sieht nur weißes Rauschen wie bei einem alten analogen Fernseher, der nichts empfängt. System ist Leap 15.2. Welches Programm kann zur Betrachtung verwendet werden ? (sollte direkt installierbar sein und nicht erst selber kompiliert werden) Jürgen
Am Donnerstag, 27. Mai 2021, 10:31:05 CEST schrieb Jürgen Hochwald:
Hast du mal hier https://en.wikipedia.org/wiki/DICOM#See_also nachgeschaut, da werden ein paar opensource Projekte aufgeführt. http://aeskulap.nongnu.org/index.html scheint wohl nicht mehr weiter entwickelt zu werden. Gruß Eric
Am 27.05.21 um 10:31 schrieb Jürgen Hochwald:
Aeskulap läßt sich zwar starten, funktioniert aber inhaltlich nicht. Die "dicomdir"-Datei kann nicht geparst werden, weil sie angeblich fehlerhaft ist. Öffne ich eine DICOM-Datei direkt von Hand, erhalte ich nur ein schwarzes Bild. Anscheinend wurde das DICOM-Format erweitert/geändert, was aeskulap aufgrund des Alters noch nicht kann. Imagej funktioniert soweit. Man muß allerdings die einzelnen Bilderserien von Hand zusammenklicken. Auf meiner CD sind das 6 Unterverzeichnisse mit unterschiedlich vielen Dateien. Die Bilderserien selbst innerhalb der Verzeichnisse können über Menü "File->Import->Image sequence" eingelesen werden und dann auch gescrollt werden. Jürgen
Hallo Jürgen, da ich in einem medizinischen Institut arbeite, hätte ich ein paar Anmerkungen:
ich habe hier eine CD von einer Kernspin(MRT)-Untersuchung. Die Bilder sind im s.g. DICOM-Format gespeichert.
DICOM ist nicht nur ein "Bild"-Format, sondern ein Standard, der auch den Transport von Bilddaten u.v.m. beschreibt. Leider ist der "Standard" extrem flexibel: Du kannst Zeichensätze und Codierungen verwenden, die nicht unbedingt bei jedem Empfänger zur Verfügung stehen. Gimp kann z.B. nicht alle Codierungen der Bitmapdaten darstellen. In den Dicom-Dateien sind dann auch nicht nur die Bilddaten gespeichert, sondern auch die Daten des Erstellers, des medizinischen Gerätes, des Standortes, der Aufnahmetechnik,... Die jeweiligen Felder sind mit entsprechenden "Tags" gekennzeichnet, hier eine "kleine" Auflistung: https://northstar-www.dartmouth.edu/doc/idl/html_6.2/DICOM_Attributes.html Dabei gibt es noch jede Menge "privater" Erweiterungen. Zuletzt ist es leider auch so, dass in vielen Arztpraxen Geräte stehen, die falsch konfiguriert sind. Im DICOM-Standard werden z.B. Namen in der Art: Nachname^Vorname verlangt. Ich bekomme aber ständig CDs/DVDs wo als Trennzeichen im Namen ein Komma statt "Dach" verwendet wird. Das führt dazu, dass unser System einen Fehler generiert: Kein Vorname angegeben!
Das nutze ich ebenfalls häufig. Da ich mit "Susi" aber nur Server betreibe, kann ich dazu nicht viel sagen. Bei (X)Ubuntu liegt es bei. Dazu sogar noch ein PACS-System namens "Orthanc" mit dem ich gute Erfahrungen gemacht habe.
s.o.: Gimp hat wohl mit bestimmten Codierungen Probleme: Statt die verschiedenen Grautöne darzustellen, wechseln sich schwarz und weiß ab.
Die Datei "dicomdir" enthält quasi das Inhaltsverzeichnis: Wie viele Untersuchungen sind drauf, wie viele "Serien" umfasst jede Untersuchung und wie viele Bilder sind in jeder Serie. Entsprechend gibt es auf dem Datenträger einen Ordner, in dem sich diese Struktur wiederspiegelt, dessen Name ist aber nicht genormt. Leider (s.o.) steht da oft Murks drin! So sind dort oft falsche Bilderzahlen, der Patientenname in anderer Schreibweise, falsche Angaben zur Codierung der Texte,... enthalten. Ich verwende die "dicomdir"s beim Import unser Bildsystem gar nicht mehr. Das mach jede Menge Stress. Da die _gesamten_ Daten ja auch in _jedem_ Bild stecken, können die besseren PACS-Systeme die gesamte Struktur rekonstruieren, indem sie alle Dateien scannen und dann die Serien und Untersuchungen zusammen bauen.
Imagej ist ein Programm, das so arbeitet ;-) Dem sind die fehlerhaften Angabe im dicomdir icht so wichtig ;-) Was in ganz komplizierten Fällen klappt: Man kann mit Imagemagick (convert bzw. mogrify) die Bitmaps in ein anderes Format konvertieren. Solange man mit dem Ergebnis keine Befundung vornehmen muss, kann man so wenigstens einen Blick drauf werfen. Aber ganz ehrlich: Ohne eine gewisse Erfahrung und einen _guten_ Dicom-Viewer kann man mit den Bildern wenig anfangen. Man muss da schon wissen, wie man mit einer passenden "Fensterung" (passende Einstellung von Helligkeit/Kontrast/Gamma bei Berücksichtigung der medizinischen Fragestellung) und der anatomischen Kenntnis des Sollzustandes, eine Abweichung/Erkrankung erkennt. Von uns "IT"lern gibt es nur einen, der da überhaupt ein wenig Ahnung hat ;-) Gruß, Michael -- ____ / / / / /__/ Michael Höhne / / / / / / mih-hoehne@web.de / ________________________________/
Hallo Jürgen,
War auch nur zur Info gedacht ;-) Bei uns in der EDV landen viele Anfragen zu den "Bildern", die unsere medizinischen Angestellten den Patienten via CD/DVD mitgeben. Ich habe nur einige der "Bausteine" zusammengestellt, mit denen ich die Anfragen abarbeite. Vielleicht hilft es ja dem einen oder anderen beim Verständnis, warum das mit den DICOM-"Bildern" nicht ganz so einfach ist ;-) IT/EDV im medizinischen Bereich ist etwas "eigen"... Gruß, Michael... ...der sich gerade wegen eines Systemwechsels wieder mit der "Telematik" beschäftigen darf... -- ____ / / / / /__/ Michael Höhne / / / / / / mih-hoehne@web.de / ________________________________/
Am Donnerstag, 27. Mai 2021, 10:31:05 CEST schrieb Jürgen Hochwald:
Hast du mal hier https://en.wikipedia.org/wiki/DICOM#See_also nachgeschaut, da werden ein paar opensource Projekte aufgeführt. http://aeskulap.nongnu.org/index.html scheint wohl nicht mehr weiter entwickelt zu werden. Gruß Eric
Am 27.05.21 um 10:31 schrieb Jürgen Hochwald:
Aeskulap läßt sich zwar starten, funktioniert aber inhaltlich nicht. Die "dicomdir"-Datei kann nicht geparst werden, weil sie angeblich fehlerhaft ist. Öffne ich eine DICOM-Datei direkt von Hand, erhalte ich nur ein schwarzes Bild. Anscheinend wurde das DICOM-Format erweitert/geändert, was aeskulap aufgrund des Alters noch nicht kann. Imagej funktioniert soweit. Man muß allerdings die einzelnen Bilderserien von Hand zusammenklicken. Auf meiner CD sind das 6 Unterverzeichnisse mit unterschiedlich vielen Dateien. Die Bilderserien selbst innerhalb der Verzeichnisse können über Menü "File->Import->Image sequence" eingelesen werden und dann auch gescrollt werden. Jürgen
Hallo Jürgen, da ich in einem medizinischen Institut arbeite, hätte ich ein paar Anmerkungen:
ich habe hier eine CD von einer Kernspin(MRT)-Untersuchung. Die Bilder sind im s.g. DICOM-Format gespeichert.
DICOM ist nicht nur ein "Bild"-Format, sondern ein Standard, der auch den Transport von Bilddaten u.v.m. beschreibt. Leider ist der "Standard" extrem flexibel: Du kannst Zeichensätze und Codierungen verwenden, die nicht unbedingt bei jedem Empfänger zur Verfügung stehen. Gimp kann z.B. nicht alle Codierungen der Bitmapdaten darstellen. In den Dicom-Dateien sind dann auch nicht nur die Bilddaten gespeichert, sondern auch die Daten des Erstellers, des medizinischen Gerätes, des Standortes, der Aufnahmetechnik,... Die jeweiligen Felder sind mit entsprechenden "Tags" gekennzeichnet, hier eine "kleine" Auflistung: https://northstar-www.dartmouth.edu/doc/idl/html_6.2/DICOM_Attributes.html Dabei gibt es noch jede Menge "privater" Erweiterungen. Zuletzt ist es leider auch so, dass in vielen Arztpraxen Geräte stehen, die falsch konfiguriert sind. Im DICOM-Standard werden z.B. Namen in der Art: Nachname^Vorname verlangt. Ich bekomme aber ständig CDs/DVDs wo als Trennzeichen im Namen ein Komma statt "Dach" verwendet wird. Das führt dazu, dass unser System einen Fehler generiert: Kein Vorname angegeben!
Das nutze ich ebenfalls häufig. Da ich mit "Susi" aber nur Server betreibe, kann ich dazu nicht viel sagen. Bei (X)Ubuntu liegt es bei. Dazu sogar noch ein PACS-System namens "Orthanc" mit dem ich gute Erfahrungen gemacht habe.
s.o.: Gimp hat wohl mit bestimmten Codierungen Probleme: Statt die verschiedenen Grautöne darzustellen, wechseln sich schwarz und weiß ab.
Die Datei "dicomdir" enthält quasi das Inhaltsverzeichnis: Wie viele Untersuchungen sind drauf, wie viele "Serien" umfasst jede Untersuchung und wie viele Bilder sind in jeder Serie. Entsprechend gibt es auf dem Datenträger einen Ordner, in dem sich diese Struktur wiederspiegelt, dessen Name ist aber nicht genormt. Leider (s.o.) steht da oft Murks drin! So sind dort oft falsche Bilderzahlen, der Patientenname in anderer Schreibweise, falsche Angaben zur Codierung der Texte,... enthalten. Ich verwende die "dicomdir"s beim Import unser Bildsystem gar nicht mehr. Das mach jede Menge Stress. Da die _gesamten_ Daten ja auch in _jedem_ Bild stecken, können die besseren PACS-Systeme die gesamte Struktur rekonstruieren, indem sie alle Dateien scannen und dann die Serien und Untersuchungen zusammen bauen.
Imagej ist ein Programm, das so arbeitet ;-) Dem sind die fehlerhaften Angabe im dicomdir icht so wichtig ;-) Was in ganz komplizierten Fällen klappt: Man kann mit Imagemagick (convert bzw. mogrify) die Bitmaps in ein anderes Format konvertieren. Solange man mit dem Ergebnis keine Befundung vornehmen muss, kann man so wenigstens einen Blick drauf werfen. Aber ganz ehrlich: Ohne eine gewisse Erfahrung und einen _guten_ Dicom-Viewer kann man mit den Bildern wenig anfangen. Man muss da schon wissen, wie man mit einer passenden "Fensterung" (passende Einstellung von Helligkeit/Kontrast/Gamma bei Berücksichtigung der medizinischen Fragestellung) und der anatomischen Kenntnis des Sollzustandes, eine Abweichung/Erkrankung erkennt. Von uns "IT"lern gibt es nur einen, der da überhaupt ein wenig Ahnung hat ;-) Gruß, Michael -- ____ / / / / /__/ Michael Höhne / / / / / / mih-hoehne@web.de / ________________________________/
participants (5)
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Eric Schirra -
Jürgen Hochwald -
Karl Brandt -
Michael Höhne -
Torsten Rosenberger