Cronjob führt Programm nicht richtig aus

Hallo zusammen, ich habe einen Cronjob der das Programm Doxygen startet. Dieses Programm erstellt eine Dokumentation über gewisse Dateien. Wenn ich den Cronjob manuell in der Konsole ausführe mit sh /root/scripts/doxygen.sh funktioniert das Programm wunderbar und die Dokumentation wird erstellt. Genauso bei Webmin wenn ich auf jetzt ausführen klicke. Wenn aber der Cronjob vom System um 21:00 Uhr gestartet wird, schreib er zwar in der E-Mail die ich erhalte, dass er die Dokus erstellt aber im Outputverzeichnis sind keine. Was läuft falsch? MfG Frank Palvölgyi