Verzeichnis-Vergleich

Frage mich gerade, was die schnellste Methode ist, zwei Verzeichnisbäume zu vergleichen. Das übliche rekursive "diff -qr v1 v2" oder die Berechnung und anschließender Vergleich von md5-Summen der beiden Verzeichnisse? Es handelt sich um ca. 9000 Verzeichnisse mit 40000 teilweise eher kleinen Dateien. Insgesamt 2 x 10 GB. Hmm, naja, vermutlich schluckt die md5-Summen-Berechnung zu viel Ressourcen und der Byte-weise Vergleich ist damit schneller. Oder liege ich da falsch?