Wir haben letztes Semester an der Uni unser Software-Grundpraktikum in Java gemacht. Unter anderem weil es dort um die Realisierung einer Applikation mit GUI ging, haben wir eine IDE eingesetzt - in unserem Fall war das das kostenlose "Forte for Java" in der Version 3 von Sun (in Verbindung mit "JDK-1.3.1_02", IIRC).
Ich benutze zur Zeit Netbeans. Es hat im Gegensatz zum JBuilder (zumindest bei der Version 4, Community Editon) CVS Unterstützung. Ausserdem ist es open source und bildet die Grundlage zu Sun's Forte for Java (Community Version von Sun ist meistens nicht ganz so aktuell, hat dafür eine Stabilitätsprüfung von Sun hinter sich, soviel ich weiss. Ich benutze jedoch das aktuelle netbeans (v3.3.1) und es läuft ziemlich gut. Ich empfehle zuvor j2sdk v1.4 zu installieren. Mfg Florian