best. Dateien übertragen

Hallo Liste, ich habe eine Liste mit Dateien vorliegen, die ich per FTP oder SCP auf einen Server übertragen will. Dabei sind die Verzeichnisstrukturen in den ersten 4 Ebenen unterschiedlich (lokal: /home/..... extern: /WWW/html/....). Irgendwie komme ich da nicht weiter.... :-( Dankbar für Tipps, Uli