Hacete un script que tenga lo siguiente:
# Ejecucion de proxy.
/usr/local/squid/bin/squid > /dev/null 2>&1
# Configurar regla para redireccionar pedido http al proxy.
/usr/sbin/iptables -t nat -A PREROUTING -p tcp --destination-port 80 -j REDIRECT --to-ports 3128
Lo pones en el /etc/init.d/ y le haces un link dinamico al /etc/init.d/rc3.d/ y listo cuando aarranca el equipo inicia el squid y le aplica la regla de iptables. Saludos.-
Quique.-