¿Como mantengo lillo?

Hola En mi ordenador tengo dos particiones. Una com Windows Millenium y otra con SUSE 9.0. Y arranca el ordenador con el gestor de arranque LILLO. Mi pregunta es: Quiero formatear la partición con Windows Millenium, ¿Si la formateo pierdo LILLO? ¿Como lo mantengo sin que se pierda y pueda arrancar luego SUSE 9,0 tras la reinstalación de windows?