Lo de las particiones primarias es fruto de un convenio que se refiere al MBR. En la MBR se puede codificar un máximo de 4 particiones primarias. Linux aprovecha esa oportunidad, lo que no hacia DOS/Windows, pues DOS sólo permitía una partición primaria por disco duro. Lo aconsejable es crear una partición primaria para cada sistema operativo, otra pequeñaja para la swap de linux, y, por fín,otra que sirva de almacen de backups. Si quieres crear una partición extendida, bajo linux, has de hacerlo en lugar de una partición primaria. En linux, las extendidas no se hacen a partir de una primaria. Dentro de esa partición extendida, puede crear particiones lógicas. Por lo escrito en el principio, has de crear tus particiones primarias a partir de linux y, despues, instalar en una (s) de ellas Windows. (Windows 2000 y XP, creo, ya permiten no obstante varias particiones primarias).